Широкое функциональное поле осуществляемых исследований и операций обусловливает комплекс подходов и методов, применяемых в логистике. Фактически весь комплекс разработок в этой области привлечен в качестве методологического инструментария для организации эффективного управления хозяйственными процессами на том или ином уровне макро- и микроэкономики, с учетом логистической специфики.
Методологической основой сквозного управления потоковыми процессами является системный подход. Он представляет собой комплексное изучение явлений, ситуаций или объектов как единого целого с позиций системного анализа.
Он позволяет рассматривать любой объект исследований в логистике как интегрированную логистическую систему даже тогда, когда она состоит из отдельных, относительно разобщенных подсистем. В связи с тем что основной характерной чертой логистических систем является тесная взаимосвязь всех ее элементов и частей, то системный подход при анализе процессов производства и обращения, выработке соответствующих решений и их реализации означает учет этих взаимосвязей. Изучение отдельных хозяйственных объектов или явлений исходит из того, что они представляют собой составную часть более сложных структур или процессов. Установление роли каждой из этих частей в эффективном функционировании целого определяет соответствующий комплекс мероприятий по ее закреплению. Системный подход помогает рассматривать изучаемый объект как комплекс взаимосвязанных подсистем, объединенных общей целью, раскрыть его интегративные свойства, внутренние и внешние связи. Математический анализ экономических процессов подтверждает возможности и условия совокупной оптимизации как структурных частей системы, так и логистической системы в целом. Важнейшим прагматическим приложением системного подхода в области управления является разработка и реализация комплексных логистических программ.
Системный подход не выражается в виде конкретной строгой методологической концепции. Его можно охарактеризовать как совокупность определенных принципов, соблюдение которых позволяет целенаправленно сориентировать теоретические исследования и практическую деятельность.
В процессе создания логистических систем необходимо руководствоваться следующими положениями системного подхода.

• Согласование ресурсных, информационных и других характеристик, которые выражаются через количественные и качественные показатели проектируемых или действующих систем.
• Ликвидация несоответствий между интересами, целями, задачами и показателями всей логистической системы и ее отдельных подсистем.

• Соблюдение последовательности продвижения по этапам создания или анализа функционирования логистических систем.

Широкое применение в логистике нашли также:

• макроподход;
• микроподход;
• детерминированный подход;
• стохастический (вероятностный) подход;
• статический подход;
• динамический подход;
• функциональный подход;

• экспериментальный подход.